Спосіб діагностики аутоімунного тиреоїдиту виконується шляхом ультрасонографії артерій щитоподібної залози на апараті з лінійним датчиком з частотою 7,5 мГц. Крім цього як показники стадії захворювання визначаються середня швидкість кровотоку (СШК) та індекс резистентності (IP) в нижніх тиреоїдних артеріях характерні для загострення (СШК - 26±4 см/с, IP - 0,67±0,05) та ремісії (СШК 20±2 см/с, IP - 0,56±0,05) аутоімунного тиреоїдиту.