本发明公开了2个与辣椒根腐疫病特异抗性基因紧密连锁的分子标记及其应用。所述分子标记含有SEQ ID NO.1所示核苷酸序列,命名为P52-11-21;或者含有SEQ ID NO.2所示核苷酸序列,命名为P52-11-41。所述分子标记与根腐疫病特异抗性基因紧密连锁,遗传距离分别为1.5cM和1.1cM,可直接用于辣椒抗根腐疫病分子标记辅助育种体系的建立。本发明的分子标记及分子标记扩增引物可以简便、快速、高通量地应用于辣椒抗根腐疫病育种实践中,同时为克隆辣椒根腐疫病特异抗性基因及其功能研究奠定了良好的基础。