本发明涉及的是生物技术领域的黄酮合成酶基因及其编码的多肽。其中:①一种黄酮合成酶基因具有SEQ ID NO.1中从核苷酸第1-1584位所示的核苷酸序列,该黄酮合成酶基因编码的多肽具有SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列;②另一种黄酮合成酶基因具有SEQ ID NO.3中从核苷酸第1-1584位所示的核苷酸序列,该黄酮合成酶基因编码的多肽具有SEQ ID NO.4所示的氨基酸序列。本发明可获得在高异黄酮、抗WGE、抗铝毒害、抗UV-B等方面具有重要特性的大豆品种;利用本发明的大豆黄酮合成酶,通过各种常规筛选方法,可筛选出与大豆黄酮合成酶相关发生相互作用的物质、受体、抑制剂或拮抗剂等。