本发明提供了一种水貂绿脓杆菌exoA-fliC嵌合蛋白亚单位疫苗,包含药学有效量的exoA-fliC嵌合蛋白。exoA-fliC嵌合蛋白的序列为由SEQ ID NO:2的氨基酸序列和序列为SEQ ID NO:1的核苷酸序列;所述exoA-fliC嵌合蛋白的编码基因为水貂绿脓杆菌exoA的I+II区与fliC的N端510bp。所述疫苗能够引起针对水貂绿脓杆菌的保护性免疫,并且包含药学上可接受的媒介物。所述疫苗中嵌合蛋白的浓度为0.350~0.766mg/ml。所述疫苗中还含有蜂胶干物质,所述蜂胶干物质的含量为10~15mg/ml。本发明使用基因工程的方法制备水貂绿脓杆菌exoA-fliC嵌合蛋白疫苗,不但安全性大大提高,而且制备过程省时、省力、产量高。