本发明公开了一种植物表观遗传因子CsSDG43及其编码基因在氮素高效利用中的应用,本发明提供的蛋白质,蛋白序列如SEQ ID NO:1所示。本发明还保护一种制备转基因植物的方法,包括如下步骤:在植物中导入CsSDG43基因,得到与所述植物相比氮素利用率增强的转基因植物。本发明还保护一种制备转基因植物的方法,包括如下步骤:在植物中导入抑制CsSDG43基因表达的物质,得到与所述植物相比氮素利用率减弱的转基因植物。本发明对于研究植物氮素利用调控机制、培育氮素利用率增强或减弱植物具有应用价值,对于植物氮素高效利用育种具有应用前景。