本发明提供了一种融合蛋白及其编码的疫苗组合物与应用。该融合蛋白包括假单胞杆菌毒素A结构域I与II、禽流感病毒HA2蛋白及羧基末端部分。其中,所述HA2蛋白的氨基酸序列可为SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.5或SEQ ID NO.7;所述羧基末端部分为含有氨基酸序列KDEL的多肽,其氨基酸序列可为SEQ ID NO.9、SEQ ID NO.10、SEQ ID NO.11、SEQ ID NO.12或SEQ ID NO.13。本发明还公开了含免疫量的禽流感融合蛋白的疫苗组合物及其在制备预防和/或治疗H9亚型禽流感药物中的应用。该禽流感疫苗组合物能同时产生细胞免疫和体液免疫;还对H9亚型的禽流感均能产生保护性免疫,具有广谱性。