本发明提供了一种抗沙门氏菌噬菌体表达的内溶酶和穿孔素组合物及其制备方法和应用,属于生物工程技术领域。所述内溶酶的氨基酸序列如SEQ ID NO:1所示,所述穿孔素的氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示。本发明的噬菌体表达的内溶酶Lys 2和穿孔素Hol 2,具有广谱的杀菌活性,对多种革兰氏阳性和革兰氏阴性菌都具有较好的抑菌效果,对沙门氏菌具有明显的杀伤作用,且内溶酶Lys 2具有一个N端酶活结构域,能裂解β‑1,4‑糖苷键,穿孔素Hol 2具有一个保守的结构域,能破坏细胞,并传递信息来控制细胞的裂解时间,可用于制备预防、抑制或治疗细胞感染的药物中,在医疗和食品安全领域具有推广应用价值。