本发明公开了菲律宾蛤仔大防御素及其制备方法和应用,包括从感染病菌的菲律宾蛤仔提取总RNA、mRNA纯化、cDNA模板溶液制备、大防御素基因筛选、基因克隆、重组质粒构建、重组基因表达和重组蛋白纯化步骤得到该大防御素,该大防御素的氨基酸序列如序列表SEQ ID NO.2所示;该大防御素属于一类新颖的大防御素,对海洋来源的多种革兰氏阳性和阴性病原微生物均具有很强的抑制活性,具有开发为广谱抗菌类药物、遗传选育和饲料添加剂等方面的应用价值;该菲律宾蛤仔大防御素的制备方法,通过总RNA提取、mRNA纯化、cDNA模板溶液制备、大防御素基因筛选、基因克隆、重组质粒构建、重组基因表达和重组蛋白纯化步骤,能得到纯度较高的重组的菲律宾蛤仔大防御素。