本发明公开了一株短小芽孢杆菌及其在生物转化异丁香酚生产天然香兰素中的应用。该菌株名为Bacillus pumilus S-1,于2006年1月3日保藏于中国典型培养物保藏中心,保藏编号为CCTCC M 205165。利用Bacillus pumilus S-1 CCTCC M 205165转化异丁香酚生产天然香兰素的过程包括:(1)斜面培养,(2)制备种子培养液,(3)转化细胞培养,(4)转化。本发明属于生物技术领域,采用该方法可高转化率生产高浓度香兰素,解决生物法生产天然香兰素产物浓度低和产率低的问题,具有很大的应用前景。