本发明公开了一种用于鉴定小麦籽粒过氧化物酶活性的分子标记及其应用。本发明的分子标记由如下(1)和(2)所示的引物对组成:(1)为由SEQ ID No.1所示的单链DNA和SEQ ID No.2所示的单链DNA组成的引物对1;(2)为由SEQ ID No.3所示的单链DNA和SEQ ID No.4所示的单链DNA组成的引物对2。通过实验证明:本发明的分子标记能快速鉴定TaPod‑D1a和TaPod‑D1b等位变异及其与小麦POD活性的相关关系,并筛选出具有较高POD活性的小麦品种,不仅加速了优质小麦新品种的育成步伐,而且对利用分子标记辅助选择高POD活性小麦品种具有重要的理论意义和经济价值。