The disclosure relates to improving plant breeding methods by controlling for microbial diversity present in the plant breeding process. The resent disclosure addresses a great need in the art, by providing for improved plant breeding methods that do not suffer from many of the drawbacks inherent with current methodologies. For instance, the methods of the present disclosure are able to capture and harness a previously untapped resource, the microbiome, and utilize such to improve traditional plant breeding methods. That is, the methods taught herein are able to control for, and beneficially harness, the microbial communities present in the plant breeding processLinvention concerne lamélioration de procédés de sélection des plantes par contrôle de la diversité microbienne présente dans le procédé de sélection des plantes. La présente invention cherche à satisfaire un besoin important dans le domaine, en proposant des procédés de sélection des plantes améliorée qui ne souffrent pas de bon nombre des inconvénients inhérents aux méthodologies actuelles. Par exemple, les procédés de la présente invention sont capables de capturer et direr profit une ressource précédemment inexploitée, le microbiome, et de lutiliser pour améliorer des procédés classiques de sélection des plantes. En effet, les procédés de linvention sont capables de contrôler, et dexploiter avantageusement, les communautés microbiennes présentes dans le procédé damélioration des plantes.