The present invention relates to a clean energy agricultural system, and it is an object of the present invention to provide a clean energy agricultural system, which is capable of receiving crop by-products in a crop cultivation facility, receiving livestock manure in an livestock facility, An anaerobic digestion plant for anaerobic digestion; A solid-liquid separator for solid-liquid separation of the slurry generated in the anaerobic digestion plant; A composting facility for composting solid matter separated through a solid-liquid separator; Liquid production facility that supplies liquid material separated through solid-liquid separator to livestock growing facility; A biogas purification apparatus for purifying methane and carbon dioxide from biogas from an anaerobic digestion plant and supplying purified carbon dioxide to the crop growing facility; And a cooling and heating device that receives the methane as fuel from the biogas refining device and cools or heats the crop cultivation facility. According to the present invention, by separating methane and carbon dioxide of produced biogas and using high purity methane as a fuel for cooling and heating, it is possible to reduce the energy cost inputted to the facility, , And it is effective to increase the yield of crops by increasing the photosynthesis amount of the crops by supplying the separated purified carbon dioxide according to the growing time of the crops.본 발명은 청정에너지 농업시스템에 관한 것으로, 작물재배시설에서 작물부산물을 공급받거나, 축산시설에서 축산분뇨를 공급받거나, 식품가공시설에서 식품가공부산물을 공급받아, 작물부산물 또는 축산분뇨 또는 식품가공부산물을 혐기 소화하는 혐기소화플랜트; 혐기소화플랜트에서 발생된 슬러리를 고액분리하는 고액분리장치; 고액분리장치를 통해 분리된 고상 물질을 퇴비화하는 퇴비화시설; 고액분리장치를 통해 분리된 액상 물질을 액비화하여 작물재배시설로 공급하는 액비생산시설; 혐기소화플랜트로부터의 바이오가스에서 메탄과 이산화탄소를 정제하며, 정제된 이산화탄소를 상기 작물재배시설로 공급하는 바이오가스정제장치; 바이오가스정제장치로부터 상기 메탄을 연료로 공급받아, 상기 작물재배시설을 냉방 또는 난방하는 냉난방장치;를 포함하는 것을 특징으로 한다.상기와 같은 본 발명에 따르면, 본 발명은 생산되는 바이오가스의 메탄과 이산화탄소를 분리하여, 고순도의 메탄을 냉난방을 위한 연료로 사용함으로써 시설에 투입되는 에너지비용을 감소시키고, 계절별 냉난방을 통한 생육 온도의 조절을 통하여 작물의 수익을 증대하는 효과가