本发明属于植物基因工程技术领域,具体涉及一种控制水稻谷粒产量、抽穗期和株高的多效性基因GHD7的克隆和应用。该基因具有如SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列,序列全长3917bp,包含2个外显子,编码257个氨基酸。其cDNA序列如SEQ ID NO:1所示。该基因编码的蛋白质具有CO蛋白的CCT结构域,其氨基酸序列如SEQ ID NO:1所示。利用转基因获得了转GHD7基因的水稻植株,转基因植株都表现出比各自对照(野生型受体)谷物产量显著提高,每穗颖花数显著增多,抽穗期明显延迟,株高显著变高。这些性状变化与珍汕97的GHD7近等基因系两种亲本基因型的表现非常吻合。本发明还公开了基因克隆、近等基因系选育和转基因的方法。本发明还涉及多效性基因GHD7在水稻育种以及植物进化研究中的应用。