本发明涉及微滴数字PCR(ddPCR)检测土壤中TCK冬孢子的方法,步骤包括:(1)提取待测土壤样品的总DNA;(2)以待测土壤样品的总DNA为模板进行微滴数字PCR反应,得到PCR产物;(3)将PCR产物放入微滴读取仪中读取信号,分析实验数据,获得土壤样品中小麦矮腥黑粉菌的绝对含量。所述总DNA提取方法包括:将取回的土壤样品过网筛除去杂质,然后冷冻;采用FastDNATM SPIN Kit for Soil试剂盒提取土壤样品的总DNA。本发明方法能够从土壤中提取出质量较好的DNA,采用微滴数字PCR进行检测,实现了土壤中小麦矮腥黑粉菌的绝对定量,有利于及时采取防治措施,减少经济损失。