本发明属于基因序列及其获取方法领域,具体涉及西瓜抗枯萎病基因Fon-1连锁的SNP位点及标记及其获得方法。所述的西瓜抗枯萎病基因Fon-1连锁的SNP位点及标记,具有序列表中的SEQ ID NO:1~8的核苷酸碱基序列。该获取方法包括如下步骤:A、供试材料选取,B、所述的西瓜抗枯萎病基因Fon-1的初步定位,C、候选SNP的获取,D、获得与西瓜抗枯萎病基因Fon-1的紧密连锁的SNP位点,并对所述的候选SNP位点进行验证。本发明利用系列标记对F2代分离群体及自然群体表型鉴定及分子检测,确认所述系列SNP位点与目的性状的紧密连锁程度;利用上述SNP位点分别设计标记,可以利用上述标记对品种进行初期筛选,达到分子辅助育种的目的,大大缩短育种周期,具有重要的科研意义。