Some aspects of the disclosure provide compositions, methods, systems, and kits for controlling the activity of an RNA-programmable endonuclease, such as Cas9, and / or improving its specificity. For example, a guide RNA (gRNA) is provided that is engineered to be in an "on" or "off" state to control the binding of an RNA-programmable endonuclease and thus control its cleavage activity. Some aspects of the disclosure provide mRNA-sensing gRNAs that modulate the activity of an RNA-programmable endonuclease based on the presence or absence of a target mRNA. Some aspects of the disclosure provide a gRNA that modulates the activity of an RNA-programmable endonuclease based on the presence or absence of extended DNA (xDNA).본 개시내용의 일부 측면은 RNA-프로그램가능한 엔도뉴클레아제, 예컨대 Cas9의 활성을 제어하고/거나 이의 특이성을 개선시키기 위한 조성물, 방법, 시스템 및 키트를 제공한다. 예를 들어, RNA-프로그램가능한 엔도뉴클레아제의 결합을 제어하고, 따라서 이의 절단 활성을 제어하는, "온" 또는 "오프" 상태로 존재하도록 조작된 가이드 RNA (gRNA)가 제공된다. 본 개시내용의 일부 측면은 표적 mRNA의 존재 또는 부재에 기초하여 RNA-프로그램가능한 엔도뉴클레아제의 활성을 조절하는 mRNA-센싱 gRNA를 제공한다. 본 개시내용의 일부 측면은 연장된 DNA (xDNA)의 존재 또는 부재에 기초하여 RNA-프로그램가능한 엔도뉴클레아제의 활성을 조절하는 gRNA를 제공한다.
