A multistage frozen chili pepper drying system provided with a dewatering device according to the present invention includes a motor-driven first compression roller and a second compression roller driven in coupling with the first compression roller, the first compression roller being disposed at one upper end inside a second dryer and placed on a downstream side of a transport conveyor supplying frozen chili pepper thawed by a first dryer, along with the dewatering device extruding moisture from the frozen chili pepper by compressing the frozen chili pepper transported by the transport conveyor between the rotating first and second compression rollers. According to the present invention, the moisture is mechanically and forcibly removed from the thawed frozen chili pepper, and thus drying operations can be carried out within a short period of time and energy consumption can be reduced during the drying operations.본 발명의 탈수장치를 구비한 냉동고추의 다단 건조시스템은 제2 건조기의 내측 상부 일단에 설치되되, 제1 건조기에 의해 해동된 냉동고추를 공급하는 이송 컨베이어의 하류 측에 배치되고, 모터에 의해 구동되는 제1 압착롤러와 상기 제1 압착롤러에 의해 연동하여 구동되는 제2 압착롤러를 포함하며, 상기 이송 컨베이어에 의해 전달된 상기 냉동고추를 상기 회전하는 제1 압착롤러 및 제2 압착롤러 사이에서 압착하여 상기 냉동고추의 내부에 포함된 수분을 압출하는 탈수장치를 포함하는 것을 특징으로 하며, 이에 따라 해동된 냉동고추의 수분을 기계적 방법으로 강제적으로 제거함으로써 건조작업 시간이 단축되고 결과적으로 건조공정에 투입되는 에너지를 절감할 수 있게 된다.