本发明公开了与番茄果实颜色相关的分子标记及其应用。本发明公开的与番茄果实颜色相关的分子标记名称为SlANT1‑InD,是下述A1)或A2):A1)番茄基因组中对应于序列表中SEQ ID No.1的第79‑82位为TTCT或不含TTCT;A2)番茄基因组中含有A1)特征的DNA片段。实验证明,本发明的番茄分子标记SlANT1‑InD与番茄果实颜色相关,可将其与atv基因位点的多态性(即atv基因位点为atv基因或其等位基因)联合在一起进行分子标记辅助育种培育紫色番茄果实,不仅可以在苗期就可完成果实颜色的鉴定,而且可以大规模地进行材料筛选,加快紫果番茄的选育进程,具有重要的应用价值和社会效益。