A pharmaceutical composition comprising F1 and F3 polypeptides, and an application thereof in treating an HPV infection. The pharmaceutical composition is prepared into various conventional dosage forms, such as an emulsion and ointment, and can be used for treating a disease caused by an HPV infection and prone to recurrence, such as genital warts, cervical cancer, vulvar cancer, penile cancer, anal cancer, and oral cancer.L'invention concerne une composition pharmaceutique comprenant des polypeptides F1 et F3 ainsi qu'une application de celle-ci dans le traitement d'une infection par le HPV. La composition pharmaceutique de la présente invention est préparée sous diverses formes pharmaceutiques classiques, telles qu'une émulsion et un onguent, et peut être utilisée pour traiter une maladie provoquée par une infection par le HPV et sujette à une récurrence, tels que les verrues génitales, le cancer du col de l'utérus, le cancer de la vulve, le cancer du pénis, le cancer anal et le cancer buccal.