A method for producing biofuels is provided. A method of making biofuels includes dewatering substantially intact algal cells to make an algal biomass, sequentially adding solvent sets to the algal biomass, and sequentially separating solid biomass fractions from liquid fractions to arrive at a liquid fraction comprising neutral lipids. The method also includes esterifying the neutral lipids, separating a water miscible fraction comprising glycerin from a water immiscible fraction comprising fuel esters, carotenoids, and omega-3 fatty acids. The method also includes obtaining a C 16 or shorter fuel esters fraction, a C 16 or longer fuel ester fraction, and a residue comprising carotenoids and omega-3 fatty acids. The method includes hydrogenating and deoxygenating at least one of (i) the C16 or shorter fuel esters to obtain a jet fuel blend stock and (ii) the C16 or longer fuel esters to obtain a diesel blend stock.Se proporciona un método para producir biocombustibles. Un método para preparar biocombustibles incluye deshidratar células de algas sustancialmente intactas para preparar una biomasa de algas, secuencialmente añadir conjuntos solventes a la biomasa de algas, y separar secuencialmente las fracciones de biomasa sólida de las fracciones líquidas para llegar a una fracción líquida que comprende lípidos neutros. El método incluye además esterificar los lípidos neutros, separar una fracción miscible en agua que comprende glicerina de una fracción inmiscible en agua que comprende ésteres combustibles, carotenoides, y ácidos grasos omega-3. El método incluye además obtener una fracción de ésteres combustibles de C16 o más cortos, una fracción de ésteres combustibles de C16 o más largos, y un residuo que comprende carotenoides y ácidos grasos omega-3. El método incluye hidrogenar y desoxigenar al menos uno de (i) los ésteres combustibles de C16 o más cortos para obtener una materia prima de mezcla de combustible de reactor y (ii) los ésteres combustibles de C16 o