Methods and kits for determining the presence of exogenous alleles within a native haplotype are provided. Introduction of foreign alleles into the livestock genome has provided the ability to introduce certain desired traits. The present disclosure provides a method for identifying the presence of exogenous alleles at a target locus that are foreign to the haplotype and identifying specific markers that are native to the haplotype. Identification of the exogenous gene at the target locus, flanked by native markers, indicates that the exogenous gene is present by molecular engineering. Conversely, the presence of an exogenous gene where the native marker is only partially flanked indicates that the allele is present due to sexual breeding.在来ハプロタイプ内の外因性対立遺伝子の存在を判定する方法およびキットが提供される。家畜ゲノム中への外来対立遺伝子の導入は、特定の所望の形質を導入する能力を提供してきた。本開示は、標的遺伝子座の、ハプロタイプにとって外来の外因性対立遺伝子の存在を同定し、かつハプロタイプ在来の特異的マーカーを同定する方法を提供する。在来マーカーが側面に位置する、標的遺伝子座の外因性遺伝子の同定は、外因性遺伝子が分子工学によって存在することを示す。逆に、在来マーカーが部分的にしか側面に位置しない外因性遺伝子の存在は、対立遺伝子が有性育種に起因して存在することを示す。
