本发明涉及一种水稻矮化、多分蘖基因Os11g0587000突变体及其应用。所述突变体的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,编码的蛋白其氨基酸序列如SEQ ID No.3所示,基因具有如SEQ ID No.2所示的核苷酸序列,该蛋白质源于水稻基因组中一段基因序列,通过破坏其编码蛋白的生物学功能降低其株高、分蘖表型。本发明通过CRISPR/Cas9技术定点敲除了水稻矮化、多分蘖基因Os11g0587000,获得了该基因功能缺失突变体种质,该突变体不仅分蘖数多,而且单蘖分生能力强,可以用于解决水稻基础研究受自然环境制约,建立室内大规模种植的研究体系,同时水稻矮化育种,能够解决抗倒性、耐密性。