PURPOSE: Bacillus amyloliquefaciens EML-CAP3 strain is provided to have large economical substitution effect as microorganism growing naturally in Korea, have strong antibacterial activity by the pathogen which causing various plant diseases such as anthrax and be prevented eco-friendly. CONSTITUTION: Bacillus amyloliquefaciens EML-CAP 3 (accession number KCTC: 11971BP) is provided. Composition for prevention of plant disease comprises Bacillus amyloliquefaciens EML-CAP 3 (accession number :KCTC 11971BP), culture broth of same or the culture broth extract. A preventing method for preventing plant-pathogenic microorganism or microorganism comprises a step of dipping and drenching Bacillus amyloliquefaciens EML-CAP 3 (accession number: KCTC 11971BP), culture broth of same or the culture broth extract before sowing.본 발명은 고추에서 내생세균으로 분리된 신규한 바실러스 아밀로리쿼페이션스 EML-CAP3, 이를 함유하는 식물병 방제용 조성물 및 식물병 방제방법에 관한 것으로, 상기 본 발명에 따른 신규한 바실러스 아밀로리쿼페이션스 EML-CAP3 균주, 이의 배양액 또는 배양액 추출물을 식물체에 살포하거나 관주처리함으로써 다양한 식물병을 생물학적으로 방제할 수 있으며, 여러 작물에 동시에 적용가능 할 뿐 아니라 한 작물에서도 여러 병해에 대하여 효과를 동시에 발휘할 수 있어, 작물의 상품성 및 생산성을 증대시킬 수 있는 효과가 있다.