A method of selecting a region of interest in an MRI / MRA image and a system applying the same are provided. The method for selecting a region of interest according to an embodiment of the present invention selects candidate regions of interest based on the signal intensity of the image and extracts the regions of interest of interest from the selected regions of interest based on the signal intensity gradient of the image. This makes it possible to more easily select a desired region of interest (for example, a blood vessel or a cerebral infarction), and to select a desired region of interest more faithfully without losing it to the peripheral region (e.g., the vessel wall region).MRI/MRA 영상에서 관심부위 선택방법 및 이를 적용한 시스템이 제공된다. 본 발명의 실시예에 따른 관심부위 선택방법은, 영상의 신호 강도를 기초로 후보 관심부위들을 선정하고, 영상의 신호 강도 구배를 기초로 선정된 후보 관심부위들에서 최종 관심부위들을 추출한다. 이에 의해, 원하는 관심부위(예, 혈관, 뇌경색부)를 좀 더 쉽게 선택할 수 있을 뿐만 아니라, 원하는 관심부위를 보다 충실히 그 주변부(예, 혈관벽 부위)까지 놓치지 않고 선택할 수 있게 된다.