PURPOSE: A bone marker apparatus for a navigation surgery and a navigation method using the same are provided to simply register a surgery site through minimum incision. CONSTITUTION: A pin unit(10) is comprised of a body(18) and a head(14). A cannula probe member(40) comprises an opening in one side and has a hollow shape. The pin member is inserted into the cannula probe member. The pin member is inserted into a bone of a surgical site to fix the bone. The cannula probe member is contacted with the surface of the bone. A reference point for a navigation surgery is registered.본 발명은 네비게이션 수술을 위한 본마커장치 및 이를 이용한 네비게이션 방법에 관한 것으로서, 내측에 소정 공간이 형성된 몸통부 및 헤드부로 구성된 핀부재 및, 상기 핀부재가 내부에 삽입 가능하도록 일측에 개구가 형성된 중공 형상의 캐뉼러 탐침부재를 포함하며, 상기 핀부재가 수술부위의 뼈에 삽입 및 고정된 후 컴퓨터단층촬영(CT)이나 자기공명영상촬영(MRI) 영상을 획득한 후, 상기 캐뉼러 탐침부재를 상기 핀부재가 내측으로 삽입될 수 있도록 이동시켜 뼈의 표면에 닿을 때까지 밀어 넣어 네비게이션 수술의 기준점을 등록하는 것을 특징으로 한다. 본 발명에 의하면, CT 또는 MRI의 단일 영상 하에 등록 및 수술이 가능하며, 네비게이션 수술을 위한 수술 지점의 등록 시 국소마취하에 최소의 절개 또는 절개 없이 경피적으로 간단하게 본마커장치를 뼈에 삽입할 수 있어서 짧은 시간 안에 등록이 가능하고 컴퓨터 등의 에러 등으로 재등록이 필요할 경우 쉽게 재등록이 가능하다. 또한, CT나 MRI의 영상 융합 없이도 수술에 꼭 필요한 단일 영상 하에 등록 및 수술이 가능하다.