本发明涉及拟斯卑尔脱山羊草NAM‑S1基因及其分子标记和应用。本发明提供的来源于拟斯卑尔脱山羊草6号染色体的NAM‑S1基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。基因NAM‑S1在小麦籽粒蛋白质积累方面发挥重要作用。基因NAM‑S1与抗白粉病基因Pm12之间的遗传距离为7.3cM,NAM‑S1基因在高蛋白质小麦新品种培育中具有潜在的应用价值。另外,本发明还提供用于特异检测NAM‑S1基因的分子标记CauNAM‑S1及其应用,该标记能够特异检测小麦品种中是否存在NAM‑S1基因,还可以检测小麦材料中是否含有抗白粉病基因Pm12,可同时用作小麦高蛋白和抗白粉病筛选的分子标记。