本发明公开了一种绵玉米淹水胁迫响应zmERF2基因启动子的克隆及其应用，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO：1所示，该启动子含有1个ARE、1个GARE、1个GC motif、2个Skn-1motif、1个CGTCA-motif和1个MBS位点顺式元件，这些顺式元件与植物激素、厌氧胁迫响应相关；是一个组织特异型的启动子，只在根系中表达；是一个诱导型的启动子，受淹水诱导高效表达。该启动子与抗虫、抗病、抗逆等目的基因连接，在淹水、涝渍条件下，可提高转基因植株根部的抗虫、抗病、抗逆境能力。同时该启动子只在根部表达，不涉及食用转基因植物地上部分的食品安全问题。zmERF2启动子在旱生植物的耐渍遗传改良中，具有很好的应用前景。
