本发明公开了一种新型转基因复合物及其制备方法与应用,转基因复合物由质量比为0.01~20:0.1~40:1的两亲性阳离子多肽、非病毒载体、核酸复合而成;两亲性阳离子多肽是具有SEQ ID No:1或SEQ ID No:2所示氨基酸序列的一种肽或任意配比的两种肽;非病毒载体是基于质子海绵效应的一种或任意配比的多种阳离子聚合物;核酸为质粒DNA、基因片段、双链或单链DNA片段、cDNA、siRNA、shRNA、mRNA、反义寡核苷酸中的一种或任意配比的多种的组合。本发明能够显著提高具有单一溶酶体逃逸效应的非病毒载体的转染效率,进而提高核酸的递送效率;此外,本发明采用分子自组装方法,可以方便的大规模制备转染复合物,而且该复合物在生物体内可降解,具有较高的使用安全性。