The present invention relates to a system for cleaning an aquarium during operation and, more specifically, to a system for cleaning an aquarium during operation which is capable of preventing water, which is not filtered, from flowing out through an outlet by automatically blocking the outlet when a user detaches a filter unit to wash the filter unit, by including an open and close member which opens and closes the outlet according to the existence of the filter unit, improving user convenience, rapidly washing the filter unit, and consistently filtering the water of the aquarium through other filter units.본 발명은 작동중인 수족관을 청소하는 시스템에 관한 것으로써, 특히, 필터부의 탈착여부에 따라 유출구를 개폐하는 개폐부재를 포함하여, 사용자가 필터부 세척을 위해 필터부를 이탈시켰을 때 유출구가 자동으로 막혀서 필터링되지 않은 물이 유출구로 빠져나가는 것을 방지할 수 있고, 사용자 편의성도 향상되며, 필터부 세척을 신속하게 하면서도 다른 필터부를 통해 수족관의 물을 계속적으로 필터링할 수 있는 작동중인 수족관을 청소하는 시스템에 관한 것이다.