The invention relates to design of short oligonucleotides and analogs thereof (such as, di-, and trinucleotide compounds) useful for various therapeutic applications. It is believed that the compounds of the invention can be used as antiviral agents, anticancer agents and so on. In certain embodiments, the compounds of the invention can modulate immune-stimulatory pathways and non-TLR pathways. The invention also relates to design modified oligonucleotides for therapeutic applications, by excluding nucleotide segments having off-target effects from the modified oligonucleotides. In another aspect, the invention provides pharmaceutical compositions including one or more compounds of the invention.It is believed that the compounds and compositions as described herein have therapeutic utility against a variety of diseases, including viral diseases, autoimmune diseases (such as, allergy, asthma, and inflammatory disorders) and cancer.本発明は、多種の治療適応に有用な短いオリゴヌクレオチド及びその類縁体(例えば、ジ-、及びトリヌクレオチド化合物等)の設計に関する。本発明の化合物は抗ウィルス剤、抗癌剤等として用いることができると考えられる。ある特定の実施態様では、本発明の化合物は免疫刺激経路及び非TLR経路を調節できる。本発明は、改変したオリゴヌクレオチドからオフターゲット効果を有しているヌクレオチド断片を除外することによる、治療適応のための改変オリゴヌクレオチドの設計にも関する。別の態様では、本発明は、1つ又はそれ以上の本発明の化合物を包含している医薬組成物を提供する。本明細書に記載されている化合物及び組成物は、ウィルス性疾患、自己免疫疾患(例えば、アレルギー、喘息、及び炎症性疾患等)及び癌を包含する、多種の疾患に対して治療有用性を有すると考えられる。【選択図】図1