本发明提供一种水稻花粉强特异表达启动子OsPoll3及其应用。本发明的启动子包含序列表中SEQ ID NO.1或2中所示的核苷酸序列,或者二者的衍生物。本发明还提供了含有该启动子的表达盒、作物表达载体。本发明的发明人发现、提取并鉴定了日本晴水稻中的一段具有转录调控活性的DNA序列,并对其进行了实验性应用。具体而言,本发明将上述启动子应用在作物基因工程中。本发明提供的启动子能够驱动目标基因在花粉中特异表达,从而创造雄性不育材料,应用于杂交制种;或者进行基因剔除,防止外源基因通过花粉污染其他非转基因(作物)植物,提高转基因作物的生物安全性。