Un método para analizar una población de semillas, comprendiendo el método: exponer el endospermo de la semilla, de semillas individuales en una población de semillas mientras se conserva la viabilidad de germinación de las semillas, remojar la semilla viable en una solución alcalina formando así una solución de remojo de semilla de al menos una de las semillas individuales en la población de semillas y analizar la solución de remojo de semillas para la presencia o ausencia de uno o más rasgos de interés, en donde el ADN aislado en la solución de remojo de semilla se evalúa para uno o más rasgos de interés que comprenden un marcador genético, un polimorfismo de un solo nucleótido, una repetición de secuencia simple, un haplotipo.