本发明涉及一种用于粳稻遗传多样性分析的分子标记及其鉴定方法,所述分子标记包括32对SSR标记,覆盖了水稻12条染色体,其中第4、6和9号染色体上有1个标记,第5、7、8和10号染色体上各有2个标记,第2、3和12染色体上各有3个标记,第1和11染色体上各有6个标记;该鉴定过程为步骤a,DNA提取;步骤b,PCR扩增;PCR反应体系为15μL,含50mM KCl,10mM Tris-HCl(pH8.8),0.1%Triton-X,1.5mM MgCl2,200μM each of dNTPs,0.2μM of each primer,5%(v/v)dimethyl sulfoxide and 0.5U Taq DNA聚合酶;步骤c,PCR产物检测;步骤d,统计分析。本发明的用于粳稻遗传多样性分析的分子标记及其鉴定方法,能够检测待测粳稻材料的遗传多样性及彼此间的遗传差异,对粳稻遗传多样性分析的分子标记进行筛选。