本发明公开了提高谷子玉米黄质或/和叶黄素硬脂酸酯或/和花药黄质含量的方法,所述方法包括通过抑制或降低谷子中蛋白质编码基因的表达量,和/或,抑制或降低谷子中所述的蛋白质的活性和/或含量,来提高谷子中玉米黄质或/和叶黄素硬脂酸酯或/和花药黄质的含量;所述蛋白质为SiLCYE蛋白。通过同源克隆技术克隆了SiLCYE。SiLCYE氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示,其编码序列如SEQ ID NO.2所示。通过CRISPR‑Cas9编辑技术获得SiLCYE基因的编辑株系,通过代谢组学分析明确了这两个基因在谷子类胡萝卜素代谢反应中的调控作用,为揭示谷子类胡萝卜素代谢途径调控机制及培育富含类胡萝卜素高营养品质的谷子新种质提供了实验基础和基因资源。