本发明公开了三七多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白基因PnPGIP的应用,即三七多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白基因PnPGIP在提高烟草对葡萄座腔菌、串珠状赤霉菌、人参链格孢抗性中的应用,所述三七多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白基因PnPGIP的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示;本发明通过分子生物学和功能基因组学相关技术研究证实PnPGIP基因具有抑制真菌侵染的功能,将本发明三七多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白基因PnPGIP构建到植物表达载体上并转入烟草中过量表达,转基因烟草植株具有很强的体外抗真菌活性,PnPGIP转基因烟草蛋白对葡萄座腔菌、串珠状赤霉菌和人参链格孢的生长具有明显的抑制作用。