本发明公开了酸性氨基酸扫描法设计的免疫抑制多肽及应用。涉及生物技术领域。本发明运用多肽与钾离子通道相互模式的“人工控制识别”的药物设计技术,通过天冬氨酸扫描技术动态调整分子模板BmKTX识别钾离子通道Kv1.3的键合界面,可多样地作用靶标钾离子通道Kv1.3,设计出了序列高度相似的候选免疫抑制多肽药物,其氨基酸序列如SEQ ID NO:1~21所示。本发明的多肽在各实验模型中表现良好,具体效果为给予本发明提供的多肽治疗后,大鼠患实验性自身免疫性脑脊髓炎的症状均得到显著改善;大鼠足跖肿胀度与模型阴性对照组相比显著降低。提示其在钾离子通道Kv1.3相关疾病的治疗或预防中具有重要的开发和应用价值。