本发明公开了一对控制西瓜卷须有无和侧枝多少的基因ClTFL1/Cltfl1及用途,控制西瓜无卷须、少侧枝性状的基因Cltfl1,该基因全长1365bp,在无卷须、少侧枝西瓜材料中为隐性纯合,具体碱基序列SEQ ID NO.1所示;控制西瓜有卷须、多侧枝性状的基因ClTFL1,该基因全长1365bp,在有卷须、多侧枝西瓜材料中为显性纯合或杂合,具体碱基序列SEQ ID NO.3所示。本发明为研究西瓜卷须和侧枝形成的分子机制、西瓜侧枝多少表型的分子鉴定和分子标记辅助育种及培育适合轻简化和机械化栽培的少侧枝新品种提供扎实的基础。对于通过转基因和基因编辑技术,为今后获得无卷须、少侧枝西瓜品种选育具有十分重要的意义。