本发明公开了不动杆菌的ZEN毒素降解酶及其编码基因与应用。不动杆菌的ZEN毒素降解酶的氨基酸序列如SEQ ID NO.6所示。不动杆菌的ZEN毒素降解酶的编码基因的序列如SEQ ID NO.5所示。本发明的不动杆菌ZEN毒素降解酶对真菌毒素玉米赤霉烯酮有较强的降解能力,可在12h内将90%以上的ZEN降解成低雌激素活性产物,不生成玉米赤霉烯酮、玉米赤霉醇等高雌激素活性类似物,具有真正的脱毒效果。本发明确定了Acinetobacter sp.SM04的玉米赤霉烯酮毒素降解酶编码序列,即Prx基因,为将来研究酶的活性位点和通过定点突变改变Prx酶活奠定了基础。