PROBLEM TO BE SOLVED: To facilitate the alignment of organs in the abdomen.SOLUTION: A medical image processing apparatus includes: a selecting section that selects reference image data from time-series image data obtained by imaging a subject in a time series a region dividing section that divides each of the time-series image data into a first region having a first reference and a second region having a second reference an aligning section that executes the alignment of the first region of the reference image data and the first region except the reference image data and a region combining section that combines each of the first regions after the alignment and each of the second regions with the time series corresponding to each other.COPYRIGHT: (C)2012,JPO&INPIT【課題】腹部の臓器の位置合わせを容易にすること。【解決手段】被検体を時系列に撮像することによって得られた時系列の画像データから基準画像データを選択する選択部と、前記時系列の画像データのそれぞれを第1の基準を有する第1の領域と、第2の基準を有する第2の領域とに分割する領域分割部と、前記基準画像データの前記第1の領域と、前記基準画像データ以外の前記第1の領域と、の間の位置合わせを実行する位置合わせ部と、前記位置合わせ後の各第1の領域と前記各第2の領域とを、時系列を対応させて結合させる領域結合部と、を具備する医用画像処理装置。【選択図】図1