The present invention relates to treatment bed controller for controlling the position of the couch (30) and (61), radiation which outputs a command for controlling this treatment table controller and the accelerator (1) and the scanning electromagnet (7) In the particle beam therapy system and a control unit (60), treatment bed controller is a measure of the positional relationship between the patient isocenter which is a diseased part a reference position of the patient, the irradiation nozzle (4) and the treatment table equipment isocenter (IC1) after controlling the treatment table to move to the position of also set irradiation isocenter at a position close to the irradiation nozzle (IC2) from the irradiation control unit outputs a command for irradiating a particle beam to a patient It was way.本発明は、治療台(30)の位置を制御する治療台制御部(61)と、この治療台制御部と加速器(1)と走査電磁石(7)とを制御するための指令を出力する照射制御部(60)とを備えた粒子線治療装置において、治療台制御部は、患者の患部基準位置である患者アイソセンタを、照射ノズル(4)と治療台との位置関係の基準である機器アイソセンタ(IC1)よりも照射ノズルに近い位置に設定された照射アイソセンタ(IC2)の位置まで移動させるように治療台を制御した後、照射制御部は患者へ粒子線を照射するための指令を出力するようにした。