The present invention relates to the treatment of plant material, especially seeds. The method uses vacuum pressure for disinfecting seeds from pathogens. Seed disinfection is important as seeds infected by pathogens could propagate them and lead to high losses of the crops. The method is applicable to seeds from cucurbit species specifically watermelon, melon, squash, pumpkin, cucumber and gourds but also seeds from solanaceous species specifically tomatoes, peppers and eggplants.La présente invention concerne le traitement de matériel végétal, en particulier des graines. Le procédé emploie une pression négative pour désinfecter les graines des pathogènes. La désinfection des graines est importante car des graines infectées par des pathogènes peuvent les propager, ce qui entraîne de lourdes pertes de récolte. Le procédé est applicable à des graines d'espèces de cucurbitacées, en particulier la pastèque, le melon, la courge, la citrouille, le concombre et les coloquintes, mais également à des graines d'espèces de solanacées, en particulier les tomates, les poivrons et les aubergines.