本发明公开了一种与大白菜PHYB基因启动子等位变异类型phyB1/B2紧密连锁的分子标记:与phyB1检测相关的标记命名为ASM-phyB1,片段大小762bp,如SEQ ID No.1所示;与phyB2检测相关的标记命名为ASM-phyB2,片段大小317bp,如SEQ ID No.2所示。本发明还公开了一种用于检测该分子标记的引物,序列如SEQ ID NO.3、4所示。本发明还公开了该分子标记和引物在选择含有ASM-phyB1或ASM-phyB2的突变类型的大白菜种质材料或转育后代中的应用,该应用可大大简化筛选手段、缩短转育年限,避免了常规育种方法中选择的盲目性。