Method and system for recognizing, vaccinating, sorting and documenting alive fish. The system includes a control unit (11), means (12) for acquiring information about fish, transportation means (14) to transport fish past means (12) for acquiring information about fish, and means (15) for vaccinating the individual fish. The system is arranged for detecting/recognizing one or more of the following parameters of the individual fish: I. length of the fish(fork length), II. height of the fish, III. thickness of the fish, and based on this information: - instruct means (40, 41, 42) for sorting fish to sort out unwanted fish prior to vaccination, or - instruct means (15) for vaccinating fish, and instructing means (40, 41, 42) for sorting fish after vaccination or sorting out untreated fish.Linvention concerne un procédé et un système pour la reconnaissance, la vaccination et le tri de poissons vivants et lobtention dinformations sur ceux-ci. Le système comprend une unité de commande (11), un moyen (12) pour acquérir des informations sur les poissons, un moyen de transport (14) pour transporter les poissons de façon à les faire passer par le moyen (12) pour acquérir des informations sur les poissons, et un moyen (15) pour vacciner les poissons particuliers. Le système est agencé pour détecter/reconnaître un ou plusieurs des paramètres suivants des poissons particuliers : I. longueur du poisson (longueur à la fourche), II. hauteur du poisson, III. épaisseur du poisson, et en fonction de ces informations : - ordonner au moyen (40, 41, 42) pour trier les poissons de trier les poissons indésirables avant la vaccination, ou - ordonner au moyen (15) de vacciner les poissons, et ordonner au moyen (40, 41, 42) de trier les poissons après la vaccination ou de trier les poissons non traités.