本发明公开了一种肠道病毒嵌合病毒样颗粒疫苗及其制备方法和应用，属于生物技术领域。本发明的嵌合病毒样颗粒为基于乙型肝炎病毒核心蛋白的重组肠道病毒多表位嵌合抗原蛋白，其氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示；编码该病毒样颗粒的DNA片段的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。将SEQ ID NO.2所示DNA片段克隆到大肠杆菌表达载体中构建重组表达质粒；将重组表达质粒转化大肠杆菌，获得工程菌；培养工程菌，经诱导表达和蛋白纯化等操作得到肠道病毒嵌合病毒样颗粒。本发明的病毒样颗粒能诱导机体产生特异性体液和细胞免疫应答，可用于人和易感动物肠道病毒EV71和CA16感染的免疫预防，用于制备肠道病毒疫苗。
