本发明提供了两个与控制黄瓜表皮毛/果刺起始基因Tril紧密连锁的分子标记。分别命名为FlankT-01、FlankT-02,FlankT-01由SEQ ID NO.1所示的290个核苷酸的片段和SEQ ID NO.2所示的293个核苷酸的片段组成。其中,SEQ ID NO.1与有表皮毛/果刺基因Tril连锁,SEQ ID NO.2与无表皮毛/果刺基因tril连锁。FlankT-02由序列表中SEQ ID NO.3所示的187个核苷酸片段和SEQ ID NO.4所示的197个核苷酸组成。其中,SEQ ID NO.3与有表皮毛/果刺基因Tril连锁,SEQ ID NO.4与无表皮毛/果刺基因tril连锁。本发明的两个分子标记分别在Tril基因的两侧,将Tril基因定位在37.4Kb区间,且都具有较高稳定性,可以简便、快速地应用于黄瓜有无表皮毛/果刺类型的分子标记辅助育种筛选体系。