The invention relates to methods for generating viral-free cells using nucleases for use in transplantation. The nucleases may be CRISPR/Cas9 complexes with guided RNA to target and inactivate viral genomes within cells. The nucleases degrade or destroy the viruses within the cells prior to transplantation.Linvention concerne des procédés permettant de générer des cellules non virales à laide de nucléases destinées à être utilisées dans la transplantation. Les nucléases peuvent être des complexes CRISPR/Cas9 à ARN guidé pour cibler et inactiver des génomes viraux dans des cellules. Les nucléases dégradent ou détruisent les virus dans les cellules avant la transplantation.