PROBLEM TO BE SOLVED: To provide methods for eliciting structural change in plant mitochondrial genome.SOLUTION: The invention relates to a method for inducing a structural change in a mitochondrial genome in a plant cell by introducing a double-strand break into a target sequence region on mitochondrial genomic DNA in a plant cell, which target sequence is present in individual molecule species of the mitochondrial genomic DNA. In addition, the present invention also relates to a method for deleting a gene that is present in mitochondrial genomic DNA in a plant cell by introducing a double-strand break into the gene or a region near the gene, which gene is present in individual molecule species of the mitochondrial genomic DNA. Further, the invention relates to a plant cell having a mitochondrial genome in which a structural change has been induced by the above method, as well as a seed and a plant comprising the plant cell.SELECTED DRAWING: None【課題】本発明は、植物ミトコンドリアゲノムの構造変化を誘導する方法の提供を目的とする。【解決手段】本発明は、植物細胞中のミトコンドリアゲノムDNA上に存在する標的配列領域であって、該ミトコンドリアゲノムDNA各分子種に存在する該標的配列領域に二重鎖切断を導入することにより、該ミトコンドリアゲノムの構造変化を誘導する方法である。また、植物細胞中のミトコンドリアゲノムDNAに存在する遺伝子または該遺伝子近傍領域であって、該ミトコンドリアゲノムDNA各分子種に存在する該遺伝子または該遺伝子近傍領域に二重鎖切断を導入することにより、該遺伝子を欠失させる方法である。さらに、前記方法により構造変化が誘導されたミトコンドリアゲノムを有する植物細胞、該植物細胞を有する種子および植物である。【選択図】なし