A method of controlling a multi-step decontamination process is disclosed. The method comprises assigning articles into a plurality of groups, processing the articles through a first and/or second sub-process of the multi-step decontamination process, quantifying a biological analyte associated with residue on or in the processed articles, and setting action limits for the first and second sub-processes. A method and a system for monitoring the control of the decontamination process are also disclosed.Linvention concerne un procédé de commande de processus de décontamination multi-étape. Le procédé consiste : à affecter des articles à une pluralité de groupes, à traiter les articles via un premier et/ou un second sous-processus de processus de décontamination multi-étape, à quantifier un analyte biologique associé à un résidu sur ou dans les articles traités et à déterminer les limites daction des premier et second sous-processus. Linvention concerne également un procédé et un système pour surveiller la commande du processus de décontamination.