本发明涉及预防草鱼细菌性烂鳃、败血、赤皮的疫苗及其制备方法。该疫苗包括柱状屈桡杆菌培养物、嗜水气单胞菌培养物、萤光极毛杆菌培养物,MONTANIDE ISA 763A VG和白油。一种草鱼细菌性烂鳃、败血、赤皮三联灭活疫苗的制备方法,将柱状屈桡杆菌培养物,嗜水气单胞菌培养物、萤光极毛杆菌培养物按比例混合,加入生理盐水搅拌均匀后;加入MONTANIDE ISA 763A VG和白油,充分混匀后乳化成烂鳃、败血、赤皮三联灭活疫苗。本发明的有益效果是,能批量提供安全、有效、质量可控的草鱼烂鳃、败血、赤皮三联灭活疫苗;增强抗原所激发的抗体应答,促进免疫细胞的协同作用,从而增强草鱼对烂鳃病、败血病和赤皮病综合免疫功能,免疫草鱼后烂鳃、败血、赤皮的免疫保护率都达80%以上。