The invention relates to methods for multiplex analysis of complex protein samples from plants using mass spectroscopy. In some embodiments, the disclosure concerns methods for maintaining a transgenic plant variety, for example by analyzing generations of a transgenic plant variety for presence and concentration of multiplexed transgenic proteins.Винахід стосується способу виявлення присутності двох або більше білків, що становлять інтерес, з відомими амінокислотними послідовностями в зразках рослинного походження, причому вказаний спосіб включає виділення складного білкового зразка із зразка рослинного походження, де вказаний складний білковий зразок містить множинні білки, подальше розщеплення вказаного складного білкового зразка з отриманням пептидів, розділення пептидів з використанням рідинної хроматографії - тандемної мас-спектрометрії (РХ/МС/МС), іонізацію пептидів； отримання одночасних мас-спектральних даних для пептидів； і порівняння вказаних одночасних мас-спектральних даних з мас-спектральними даними, отриманими для двох або більше білків, що становлять інтерес, за допомогою чого визначається присутність або відсутність двох або більше білків, які становлять інтерес.
